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北京中医药大学第二临床医学院在以人才教育和培养为核心的学院型医院总体目标下，高度重视教学工作，目前承担北京中医药大学中医五年制、卓越中医学(5+3)、中西医临床医学专业(华佗班)和北京中医药大学-新加坡南洋理工大学“中医-生物双学位”项目班临床课课堂授课、见实习以及研究生教学等任务，也是北京中医药大学各专业学院重要的实践教学基地，2015年荣获北京中医药大学“优秀教学实践基地”。近年来，学生总数不断升高，2020年，在院学生总数961人。
在大学临床医学院率先建立专职专岗教师队伍、临床科室教学秘书队伍，建立教学激励约束机制，持续加强教学机构、队伍和制度建设。获校级优秀教学团队2项，校级教学名师坊4个，校级临床学系主任单位5个。荣获全国高等中医院校青年教师教学基本功大赛一等奖2项，二等奖1项，三等奖2项。大学临床教学比赛特等奖1项、一等奖各4项，获评校级教学名师1名、校级优秀教师3名、优秀青年教师2名。主编人民卫生出版社、中国中医药出版社国家十三五教材4项、副主编13项。
在教学基础设施方面，持续加大投入，现有多媒体教室14间，临床技能实训中心总面积达1600m2，充分保障并满足现代高等中医药教育的要求。
在国际化中医药高等教育方面，学院自2008年以来一直承担“北京中医药大学与新加坡南洋理工大学合作中医-生物双学士学位项目”，目前已经培养了整建制班11届毕业生。该项目荣获“北京中医药大学教学成果一等奖”、“北京市教学成果二等奖”、世界中医药学会联合会“中医药国际贡献奖”，北京市海外中医药合作十大示范项目等多项荣誉，2017年开始与新加坡中医学研究院合作培养中医学专业型硕士。
在学生教育管理方面，全面树立“以学生为中心”的教学理念，以学科特色为基础，以优秀教学团队为依托，以名医传承为平台，积极探索并逐步完善融师承教育和学院教育、人才培养与名医传承为一体的名医培养教学体系。在研究生培养方面，落实医教协同，实施住院医师规范化培训及“四证合一”制度，启动专业型博士临床试点工作，研究生临床能力显著提升，培养质量不断提高。
